- アイテム説明
自閉症スペクトラム障害(ASD; Autism Spectrum Disorder)は、社会的コミュニケーションに関する障害や、同じ行動を繰り返したり、極端にこだわりが強いなど、行動や興味に偏りや繰り返しが見られることが特徴です。これらの症状は通常幼少期に現れます。
自閉症の方の脳には微妙な解剖学的差異(例えば、脳の形やサイズの違い)や機能的差異(脳の働き方における違い)が観察されてますが、それが直接的な診断基準になるわけではありません。症状の現れ方は年齢や能力によって大きく異なり、この多様性を認識するためにASDの概念が 2013 年に導入されました。
今日、ASDを持つ多くの人々の未来は昔よりも明るくなっています。多くの人が、話したり、読むことができ、普通の社会で生活できるようになっています。中には、成人になるころには症状がほとんどなくなる人もいます。しかし、それでもフルタイムで働いたり、自立して生活するのが難しい人も少なくありません。子どもに対する早期の心理社会的介入は、次のような行動を改善することができます
- 共同注意
- 言語発達・習得
- 社会的関与など
これにより、子どもの発達が進み、症状の重さが軽くなる可能性があります。早期介入はより良い結果につながり、特に3〜5歳未満の子どもがプログラムに参加すると大幅に大きな進歩が見られることが実証されています。もし早期介入について不安があれば、医師にご相談ください。
また、多くのASD 関連遺伝子は多相遺伝(Pleiotropic gene)と呼ばれ、一つの遺伝子が複数の異なる健康状態に影響を与えることがあります。これにより、ASDに関わる遺伝子が関係する可能性があるのは、次のような症状や疾患です。
- 頭蓋顔面異形症
- 肥満
- 視覚障害
- 内分泌異常
- てんかん
- 運動失調
- 摂食障害
- 心臓欠陥
- 泌尿生殖器異常
- 腎臓異常
- 胃腸障害など
さらに、ASD は ADHD、うつ病、統合失調症といった他の精神的な障害とも関連が深いことが分かっています。
『ジーンチェッカー自閉症の遺伝子検査キット』は、関連性の高い遺伝子異変の解読により、ASDの発症リスクを検出します。早期診断により、お子様とご家族のためにより良い準備ができることを願っております。
▶ どんな方におすすめ
ASD と診断されるリスクが高くなるのは、次のような子供たちです。:
- ASD の兄弟がいる
- 両親が高齢である
- 特定の遺伝的疾患 (ダウン症候群や脆弱 X 症候群など)
- 非常に低い出生体重で生まれた
環境的・非遺伝的影響が ASD に影響を及ぼす可能性も排除できませんが、自閉スペクトラム症(ASD; Autism Spectrum Disorder) の病因は遺伝的な影響が強いことが確認されています。
このような背景を考慮して、家庭計画を立てている方にもお勧めいたします。▶ さらに詳しく知りたい方(ASDパネル遺伝子・品質管理・データ分析法)
パネルに含まれる遺伝子は、科学文献、変異データベース、および研究経験に基づいて慎重に選択されています。
以下の遺伝子パネルは、高品質で臨床グレードの次世代シーケンサー(NGS)アッセイから切り出されたものです。
アッセイは唾液用に検証されており、高品質のDNA収量が得られる可能性が最大になるように選択されています。診断収量は、使用するアッセイ、紹介する医療従事者、病院、および国によって異なります。シーケンス解析と欠失/重複(コピー数多型(CNV))解析の両方を組み合わせることで、遺伝子臨床診断の可能性が高まります。
表1. ASDパネル遺伝子とその臨床的意義
s/n 遺伝子 CGD または Mitomap データベースから生成された、関連する遺伝子固有の表現型 ClinVarデータベースで病原性または病原性の可能性が高いと分類された遺伝子の変異の数 ヒト遺伝子変異データベース(HGMD)に記載されている遺伝子において疾患との関連性がある可能性のある変異の数 1 ADNP ヘルスモールテル・ファン・デル・アー症候群(精神遅滞、常染色体優性 28) 44 66 2 BCL11A ディアス・ローガン症候群 20 29 3 C12ORF4 運動異常を伴うまたは伴わない発達遅延および発作(DEDSM) 1 5 4 CACNA1C ブルガダ症候群、ティモシー症候群、神経発達障害 19 68 5 CC2D1A 精神遅滞、常染色体劣性 3 3 7 6 CNOT3 知的発達障害 1 8 7 CNTN6 運動異常を伴うまたは伴わない発達遅延および発作(DEDSM) 2 41 8 COL4A3BP 精神遅滞、常染色体優性 34 6 7 9 CSNK2A1 14 20 10 CTNND2 発達遅延および運動異常を伴うまたは伴わない発作(DEDSM) 7 35 11 DHCR7 スミス・レムリ・オピッツ症候群 88 217 12 EHMT1 クリーフストラ症候群 86 89 13 EN2 自閉症 2 14 FBXO11 知的発達障害 8 9 15 FOXP1 言語障害および自閉症的特徴を伴う精神遅滞、先天性心奇形 48 76 16 GAMT グアニジノ酢酸メチルトランスフェラーゼ欠損症 18 58 17 KMT2E 神経発達障害 4 18 KMT5B 発達遅延および運動異常を伴うまたは伴わない発作(DEDSM)、自閉症スペクトラム障害、知的障害を伴う過成長症候群 9 14 19 MBOAT7 精神遅滞、常染色体劣性57 5 5 20 MECP2 アンジェルマン様症候群、自閉症、レット症候群、脳症、知的発達障害 506 1039 21 MT-ATP6 神経障害、運動失調症、網膜色素変性症、レーバー遺伝性視神経症、成人発症型運動失調症および多発性神経障害、乳児肥大性心筋症、リー症候群、線条体黒質変性症、乳児、ミトコンドリア 19 22 MT-ATP8 心筋症、心尖肥大、および神経障害、心筋症、乳児肥大 4 23 MT-CO1 ミオグロビン尿症、再発性、レーバー遺伝性視神経症、鉄芽球性貧血、シトクロム C 酸化酵素欠損症、難聴、ミトコンドリア 17 24 MT-CO2 シトクロム c 酸化酵素欠損症 8 25 MT-CO3 シトクロム c 酸化酵素欠損症、レーバー遺伝性視神経症 9 26 MT-CYB 69 27 MT-ND1 ミトコンドリアミオパシー、脳症、乳酸アシドーシス、脳卒中様発作、レーバー遺伝性視神経症、レーバー視神経萎縮およびジストニア 21 28 MT-ND2 レーバー遺伝性視神経症、ミトコンドリア複合体 I 欠損 6 29 MT-ND3 レーバー視神経萎縮およびジストニア、ミトコンドリア複合体 I 欠損 7 30 MT-ND4 レーバー遺伝性視神経症、レーバー視神経萎縮およびジストニア、ミトコンドリア複合体 I 欠損 11 31 MT-ND4L レーバー遺伝性視神経症 2 32 MT-ND5 不規則な赤色線維を伴うミオクロニーてんかん、ミトコンドリアミオパシー、脳症、乳酸アシドーシス、脳卒中様発作、レーバー遺伝性視神経症、ミトコンドリア複合体 I 欠損 19 33 MT-ND6 ミトコンドリアミオパシー、脳症、乳酸アシドーシス、脳卒中様発作、腫瘍腫、レーバー遺伝性視神経症、レーバー視神経萎縮およびジストニア、ミトコンドリア複合体 I 欠損症 16 34 MT-RNR1 難聴、ミトコンドリア 3 35 MT-RNR2 クロラムフェニコール毒性/耐性 2 36 MT-TA 4 37 MT-TC ミトコンドリアミオパチー、脳症、乳酸アシドーシス、脳卒中様発作 3 38 MT-TD 1 39 MT-TE 糖尿病性難聴症候群、ミトコンドリアミオパチー、乳児性、一過性、糖尿病を伴うミトコンドリアミオパチー 5 40 MT-TF 不規則な赤色線維を伴うミオクロニーてんかん、尿細管間質性腎症、ミトコンドリア性脳症、ミトコンドリア性てんかん、ミトコンドリア性ミオパチー、乳酸アシドーシスおよび脳卒中様発作を伴うミトコンドリア性脳筋症 7 41 MT-TG 3 42 MT-TH 4 43 MT-TI 7 44 MT-TK 不規則な赤色線維を伴うミオクロニーてんかん、リー症候群 5 45 MT-TL1 シトクロム c オキシダーゼ欠損症、不規則な赤色線維を伴うミオクロニーてんかん、ミトコンドリアミオパシー、脳症、乳酸アシドーシス、脳卒中様発作、糖尿病性難聴症候群、周期性嘔吐症候群、乳幼児突然死症候群、感受性 14 46 MT-TL2 ミトコンドリア多臓器疾患、進行性外眼筋麻痺、ミトコンドリアミオパシー、乳酸アシドーシスおよび脳卒中様発作を伴うミトコンドリア脳筋症 5 47 MT-TM リー症候群、ミトコンドリア多臓器疾患 1 48 MT-TN 進行性外眼筋麻痺、ミトコンドリア多臓器疾患 3 49 MT-TP 2 50 MT-TQ ミトコンドリア多系統性疾患 2 51 MT-TR ミトコンドリア脳症 2 52 MT-TS1 不規則な赤色線維を伴うミオクロニーてんかん、ミトコンドリアミオパチー、脳症、乳酸アシドーシス、脳卒中様発作 10 53 MT-TS2 ミトコンドリア多系統性疾患 2 54 MT-TT 5 55 MT-TV 肥大型心筋症 (HCM)、リー症候群、ミトコンドリア多臓器障害、乳酸アシドーシスおよび脳卒中様発作を伴うミトコンドリア脳筋症 3 56 MT-TW リー症候群、ミオパシー、ミトコンドリア 8 57 MT-TY ミトコンドリア多臓器障害 4 58 NBEA てんかん 3 13 59 NFIB 大頭症 17 2 60 NLGN3 自閉症、アスペルガー症候群 2 10 61 NLGN4X 自閉症、アスペルガー症候群、知的発達障害 7 35 62 NSD1 ソトス症候群、ウィーバー症候群、ベックウィズ・ヴィーデマン症候群 329 517 63 POGZ 精神遅滞、常染色体優性 37 (ホワイト・サットン症候群) 46 52 64 PTCHD1 自閉症感受性、X連鎖 4 9 47 65 PTEN バンナヤン・ライリー・ルバルカバ症候群、レルミット・デュクロ症候群、カウデン症候群 435 638 66 RPL10 自閉症 4 5 67 SHANK3 フェラン・マクダーミッド症候群、統合失調症 15 66 191 68 TBR1 知的発達障害 16 18 69 TCF20 発達運動異常を伴うまたは伴わない遅延および発作(DEDSM) 7 16 70 TRIP12 知的発達障害 14 32 71 TSC1 リンパ脈管筋腫症、結節性硬化症 177 372 72 TSC2 リンパ脈管筋腫症、結節性硬化症 396 1195 73 VAMP2 74 WASF1 知的障害および発作 3 3 75 ZSWIM6 前頭鼻骨異形成症 4 2 表2. ASDパネルに含まれるノンコーディングバリアント
s/n 遺伝子 ゲノム上の位置 HG19 HGVS RefSeq RS-number 1 EHMT1 Chr9:140678546 c.2382+1697T>G NM_024757.4 rs786205602 2 GAMT Chr19:1399508 c.391+15G>T NM_138924.2 rs367567416 3 PTEN Chr10:89622883-89623482 4 PTEN Chr10:89622988 c.-1239A>G NM_000314.6 5 PTEN Chr10:89623049 c.-1178C>T NM_000314.6 6 PTEN Chr10:89623056 c.-1171C>T NM_000314.6 rs587779981 7 PTEN Chr10:89623116 c.-1111A>G NM_000314.6 8 PTEN Chr10:89623226 c.-1001T>C NM_000314.4 9 PTEN Chr10:89623296 c.-931G>A NM_000314.4 rs587781959 10 PTEN Chr10:89623306 c.-921G>T NM_000314.4 11 PTEN Chr10:89623331 c.-896T>C NM_000314.4 12 PTEN Chr10:89623365 c.-862G>T NM_000314.4 rs587776675 13 PTEN Chr10:89623373 c.-854C>G NM_000314.4 14 PTEN Chr10:89623392 c.-835C>T NM_000314.4 rs587779994 15 PTEN Chr10:89623428 c.-799G>C NM_000314.4 rs587779992 16 PTEN Chr10:89623462 c.-765G>A NM_000314.4 17 PTEN Chr10:89690791 c.210-8dupT NM_000314.4 18 PTEN Chr10:89692749 c.254-21G>C NM_000314.4 19 PTEN Chr10:89725294 c.*65T>A NM_000314.4 20 PTEN Chr10:89725304 c.*75_*92delTAATGGCAATAGGACATTinsCTATGGCAATAGGACATTG NM_000314.4 21 TSC1 Chr9:135800306 c.363+668G>A NM_000368.4 22 TSC2 Chr16:2098067 c.-30+1G>C NM_000548.3 rs587778004 23 TSC2 Chr16:2106052 c.600-145C>T NM_000548.3 24 TSC2 Chr16:2107460 c.848+281C>T NM_000548.3 rs45517132 25 TSC2 Chr16:2110656 c.976-15G>A NM_000548.3 rs45517150 26 TSC2 Chr16:2127477 c.2838-122G>A NM_000548.3 27 TSC2 Chr16:2138031 c.5069-18A>G NM_000548.3 rs45484794 この遺伝子検査の分析的妥当性は、高品質の変異コールと臨床サンプルを含む参照サンプルを使用して、SNV、INDEL、およびCNVに対して実証されています。 品質管理サンプルDNAが各診断シーケンシング検査に追加され、各サンプルのシーケンスカバレッジが監視および評価されます。
検査の結果は、対象領域の98%以上が少なくとも20倍のシーケンシング深度でカバーされ、シーケンシング実行中の管理サンプルがSNV(>0.995)およびINDEL(>0.950)を検出するために必要な感度を示している場合に受け入れられます。 分析の最終ステップは直交確認です。病原性、病原性の可能性、および不確定な意義の変異(VUS)として分類されたシーケンス変異は、真陽性コールの厳格なNGS品質基準を満たさない場合、双方向サンガーシーケンシングを使用して確認されます。報告されているヘテロ接合性およびホモ/ヘミ接合性のコピー数変異(サイズ <10 および <3 エクソン)は、まれにしか発生しない CNV に対する dPCR などの直交法によって確認されます。各遺伝子のターゲット領域には、コーディングエクソンとエクソン-イントロン境界からの±20塩基対が含まれます。研究所で生成されたシーケンスデータは、最先端のバイオインフォマティクスアルゴリズムと業界標準のソフトウェアソリューションを統合した独自のデータ分析および注釈パイプラインで分析されます。
パイプラインのワークフロー全体に厳格な品質管理手順を組み込むことで、結果の一貫性、妥当性、精度が保証されます。パイプラインは、特異性を犠牲にすることなく感度を最大化するように合理化されています。1000 Genomes Project、gnomAD、ClinVar、HGMDなどを含む多数の参照集団データベースと変異データベースが臨床解釈ソフトウェアに統合され、プロセスを効果的かつ効率的にしました。ミスセンス変異については、SIFT、PolyPhen、MutationTasterなどのin silico変異予測ツールが変異分類の支援に使用されます。
参考文献
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